随着人类对自然界中生长的各类生物种类的认识不断深入，瑞典人林奈（Linnae，1753）首先建立了生物分类学。最初将灵芝划分在植物界（Plant, Regnum Vegetabile）中；但经过对真菌类的深入研究，发现它与动物、植物及细菌等生物不仅有许多相同的特征，而且有着明显的差异，因而将它由植物界中分出来，与地衣等合称为菌物界（Fungus, Mycota）；灵芝则隶属于真菌门（Eumycota）中的一个属的代表种。现将常见的几种对灵芝属的分类见解简要介绍如下：

1.在邓叔群著《中国的真菌》（1963）一书中，灵芝属划在多孔菌科内，即：

植物界  Plant

  孢子植物  Sporophyta

    真菌门  Eumycota

      担子菌纲  Basidiomycetes

        多孔菌目  Polyporales

          多孔菌科  Polyporaceae

            灵芝属  Ganoderma

2.在赵继鼎等人著《中国灵芝》（1973），则将灵芝、假芝等属组合成灵芝亚科，即：

担子菌纲  Basidiomycetes

  多孔菌目  Polyporales

    多孔菌科  Polyporaceae

      灵芝亚科  Ganodermatoideae

        灵芝属  Ganoderma

3.在邵力平等人著《真菌分类学）（1984）一书中，则根据Ainsworth等人（1973）提出的分类系统，将真菌作为菌物界中一个门，灵芝属在真菌门中五个亚门、十八个纲、六十八个目的分类位置是：

真菌门  Eumycota

  担子菌亚门  Basidiomycotina

    层菌纲  Hymenomycetes

      非褶菌目  Aphyllophorales

        灵芝菌科  Ganodermatoideae

          灵芝属  Ganoderma

根据赵继鼎等人的意见，灵芝属又分为二个组，四个亚组，其分组的检索表：

1.菌肉白色、淡白色、材白色或者分二层；上层淡白色，近菌管层淡褐色至褐色………………………………………………灵芝组Sect Ganoderma

（1）菌盖的皮壳由栅状细胞组成…………灵芝亚组Subsect Ganoderma

（2）菌盖的皮壳不是栅状细胞组成…………………………………………

……………………………………粗皮灵芝亚组Subsect Trachyderma

1.菌肉为均匀的褐色、深褐色至栗褐色…………紫芝组Sect Phaeonema

（1）菌盖的皮壳是由栅状细胞组成…………………………………………

……………………………………………紫芝亚组Subsect Phaeonema

（1）菌盖的皮壳不同栅状细胞组成…………树舌亚组Subsect Elfvingia